游城十代在前往决斗学院实技测验的途中，偶遇了传说中的决斗者武藤游戏，并从他手中获得一张幸运卡“天使小精灵”。与此同时，一个名为七星的神秘团体出现了，它的目的是夺取被封印在决斗学院地底遗迹中拥有毁灭世界力量的三幻魔。游城十代及大德寺老师等人被选为遗迹的守护者，与七星展开了黑暗决斗。后来众人意外发现大德寺老师也是七星的成员之一，十代打败大德寺老师，彻底挫败了七星的阴谋，并得到贤者之石的卡片。三幻魔事件结束后，原来的伙伴们相继离开决斗学院，一众新生入学。游城十代受到“光之波动”的影响，无法进行卡牌决斗。之后，游

《游戏王》系列最初改编自高桥和希创作的漫画，后来因日本游戏公司KONAMI将其改编成了风靡世界的集换式卡牌游戏而为广大ACG爱好者熟知。一卷神秘的录像带，千年神器中千年眼的拥有者，贝卡斯·J·克罗佛多在录像带中使用黑暗决斗向武藤游戏挑战，但武藤游戏却因为时间终止而败北，武藤双六的灵魂也因此被千年眼的力量封印在灵魂封印卡中（漫画版为贝卡斯寄给游戏的录像带），武藤游戏为了救回灵魂被囚禁的爷爷，与伙伴们前往决斗者王国找贝卡斯决斗，与互信的伙伴们以及心中的另一个自己并肩作战。

游城十代在前往deueru学术高中的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求cronos教授让他同过考试之后就展开了挑战者之路。本作品是继承了动画《游戏王－怪兽之决斗》世界观的新系列第2部。男主角从原作的武藤游戏更换为游城十代，一些基础设定也焕然一新。但舞台与《游戏王－怪兽之决斗》是同一个世界，前作的登场人物也有数名登场。

在戈哈第7小学上学的王道游我，是个每天都对各种道进行开发的小学5年级生。他对大人们管理的决斗感到无趣，他创出了谁都能乐在其中的新规则。某一天，从隔壁班的卢克那里传出了关于“决斗王”的传闻。然而当兴致勃勃的游我和卢克到达目的地时却发现早有人在，那块似乎拥有特殊意义的石碑前出现了神秘的人物……为了被认可成为决斗王，必须在限定的时间内通过决斗取得胜利！