五帝之一青帝封印青麟木，但封印不稳，每隔一段时间就会产生裂隙，狐族为了报答青帝恩德，自愿留下守护青麟木。黑帝封印解除后，瞳洸成长为一个娇俏的少女，她担负起姐姐的职责成为玄水教祭司，以前那个只会依赖别人的小女孩渐渐成长，变得坚强独立起来。而在玄水祭坛上，玄极从黑衣人身上发现了一股熟悉的气息，那气息和自己有着千丝万缕的联系，似乎是一位故人……黑衣人究竟会是谁？

朝歌，纣王初见妲己，倾国倾城。桃花树下，妲己为父亲之事暗自垂泪，纣王为博妲己一笑，赦免苏家灭族之罪。姜皇后站在阁楼望月哀思，泪两行。姜皇后不计前嫌救醒中毒的妲己，妲己脑中闪过虿盆崖边云溪说的话，愧疚难当。皇后放妲己离去，话里透着玄机。一群神秘黑衣人浩浩荡荡出现在昏迷的君亦辰身边，动机不明。妲己从黑衣人手中抢回君亦辰。君亦辰在虿盆崖失去过多阳气，妲己为帮他疗伤，去往妖族地界-虹崖。妲己轻车熟路走进一间当铺，一只豹子应声而出。妲己耍诈偷走豹子贴身暗藏的元气珠，豹子暴走。妲己给君亦辰服下元气珠，愤愤不平的申公豹

阿明（李灿森 饰）、黑仔阿满（梁焯满 饰）、公子龙（张豪龙 饰）是居住在香港的三个小青年，他们穷困潦倒，一事无成，因举借高利贷无力偿还而被人当街追杀。走投无路之际，他们遇见一个神秘的黑衣人，黑衣人要他们祭拜黑龙偶像，即可实现发财的梦想。阿满“为了钱死都可以”，阿龙“只要能发财谁死都行，除了他自己”，阿明“只要能和女友阿雪结婚，做什么都行”。穷极生疯，三人完全不顾后果拜起了黑龙。盲打误撞，他们竟真的开始转运，横财源源不断。然而塞翁失马，焉知非福。正当他们欣喜非常之时，厄运不起而至，当初在黑龙面前许下的承诺一

在上一集J（威尔·史密斯 Will Smith 饰）重新召回K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）作为搭档之后，时间又过去了许多年，但是外星人对地球的觊觎却一直没有停歇。而且J还了解到了K已经死了四十多年。无论未来如何发展，K都和外星人入侵地球有着千丝万缕的联系。而且这段时间，J了解到是一个叫做鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）的外星罪犯在1969年干掉了当时还没有太多经验的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰）。而在四十多年后，这个鲍里斯就成为了地球

本片的主人公刘阳为结婚欠下高利贷，失去了一切。接受不了打击而患上抑郁症的他在街上流浪时发生车祸，进入到另一个世界，不仅失去了原本的记忆，还莫名其妙被一个黑衣人追杀，后来被一个叫清月的女孩所救。但未曾料想刘阳的到来却成为了清月家乡灾难的开始，大地崩塌，家园尽毁，清月母亲也死于这一场灾难，而清月与刘阳也因此而走散。但是，清月却不顾父亲和族人的劝阻，独自一人发誓要找到刘阳。此时的刘阳却再次遭受到了神秘面具人的追杀，危险之际，清月再一次救了刘阳。这次，神秘人却是连清月都要一起灭杀，危难时刻，清月父亲带着族人赶到，

K和J双人组是FBI所属的一个非正式情报单位的刑警，他们的任务就是监督外星人在地球上的活动，任何外星人如果图谋不轨，就会被这两位身穿黑色西装的特警歼灭。然而在一联串调查未登记外星人访地球记录时，K和J竟发现银河中的恐怖份子正秘密的行动准备刺杀另一星球的大使。由于这个举动将引起宇宙间的征战、世界将面临崩溃，K和J必须在地球被外星人渣毁灭前找到这批恐怖份子。K和J这对黑白搭档就带著巨大无敌枪到处对付奇形怪状的外星人，结果却笑料百出，他们到底能不能完成任务呢？

　故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 　　卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 　　面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，热血沸腾惊心动魄的动作追车场面层出不穷，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。