第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束。

本片以民国初年列强凌霸中国，军阀在他们的支持下四处割据，战火连年，民不聊生的大历史为背景。讲述了一名革命志士在十面埋伏、四面楚歌的危险境地中，为保护革命火种，将生命置之度外，与一群护卫他的同志少年，共同与反动军阀势力作斗争，在付出了重大的牺牲之后，终于把组织的秘密安全送到广州，交给革命组织的故事。

商业奇才徐云龙在集团内备受爱戴，引得贵为董事长之子的高层张峰忌恨不已。为了顺利接班大位，张峰利诱徐云龙爱妻背叛丈夫，与自己联手设局令对方身败名裂、受尽百般折磨后被抛“尸”江底。然而天道昭彰，徐云龙竟侥幸逃生，从此化名“吴二苟”，以面馆丐婿的身份白手起家；他一路商海开挂逆袭，誓要打败张峰，东山再起！

强势回归！忍者龟又回来啦，他们这次有全新的超威能力!跟着拉斐尔、李奥、多纳、米开使用全新武器、打击突变种，揭开藏在纽约市底下的秘密城市，卡哇棒嘎！这群爬虫类兄弟首次从下水道现身，他们将面对纽约市、敌人跟美味的披萨！更年轻更强大的忍者崛起，四个人同心协力，成为成熟的少年变种忍者龟。《忍者龟之风云再起》讲述的是忍者龟四兄弟和他们的朋友艾波遇到了邪恶的炼金术士德拉森男爵，以及危险脚族忍者。他们也知道了史林特大师的秘密：他曾经是武术专家和电影明星，刘柔道。他们必须收集一件古代黑暗盔甲的碎片，以防止脚足忍者和德拉森

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